Pandora's Tower, eine Geschichte unglücklicher Umstände, spielt im Königreich Elyria, wo eine unscheinbare Sängerin namens Elena während einer Festivalaufführung einem grausamen Fluch erliegt. Mit einem arkanen Zeichen auf dem Rücken verwandelt sie sich langsam in ein wildes Monster, woraufhin die Stadtwachen versuchen, sie zu töten, um dies zu verhindern. Ein junger Ex-Söldner namens Aeron, dessen Herz Elena auf ewig gehört, entführt sie im letzten Moment – und mit der Hilfe einer mysteriösen Hexe namens Mavda erfährt er, was getan werden muss, um ihr schreckliches Schicksal abzuwenden. Er muss in den Narbensturz hinabsteigen, eine massive Kluft, die von zwölf Ketten gehalten wird, die mit einer schwebenden Insel in ihrer Mitte verbunden sind, auf der dreizehn miteinander verbundene Türme stehen. Dort muss er mit seinem Schwert und einer heiligen Kette seinen Weg durch jeden Turm kämpfen und das Fleisch der Boss-„Meister“ extrahieren, die darin leben, welches Elena konsumieren muss, um ihre fortschreitende Transformation umzukehren. Aber die Uhr tickt! Je länger Aeron braucht, um jedes Biest zu besiegen, desto weniger menschlich wird Elena, was ihren Charakter und den endgültigen Ausgang des Spiels tiefgreifend beeinflusst. Zeit ist von entscheidender Bedeutung...