Auf der vom Krieg zerrütteten, vergifteten Atmosphäre von Nu Earth ist Rogue Trooper ein genetischer Infanterist, einer einer Elite-Einheit von biologisch entwickelten Klon-Truppen, die geschaffen wurden, um die feindliche Atmosphäre des Planeten zu überwinden, ungehindert in ihrem Kampf gegen den Feind, die Nort-Republik. Nachdem er den Verrat und die Vernichtung seiner Einheit beim Massaker in der Quarz-Zone miterlebt hat, ist Rogue desertiert und entschlossen, den Verräter zu jagen, der seine Waffenbrüder in den Tod geschickt hat. Ausgestattet mit den neuesten experimentellen Waffen, bietet Rogues Arsenal ihm einen entscheidenden Vorteil gegenüber seinen Gegnern; kodierte Bio-Chips, die die digitalisierten Persönlichkeiten seiner gefallenen Kameraden enthalten, sind in seiner Waffe, seinem Helm und seinem Rucksack gespeichert, wobei jeder seine einzigartige Expertise und Unterstützung bietet, die es Rogue ermöglicht, einen raffinierten Feind strategisch zu überlisten. Das Spiel ist eine Mischung aus intensiver Third-Person-Action und Stealth-Elementen der nächsten Generation, mit komplexer Sichtlinien-KI, mehreren Spielpfaden, vollständiger taktischer Nutzung Ihrer Bio-Chip-gesteuerten Ausrüstung und sowohl Einzelspieler- als auch Online-Mehrspieler-Gameplay.