Dr. Muto es un juego de acción y aventura en tercera persona, completamente en 3D, de libre movimiento, ambientado en un universo estilizado lleno de acertijos diabólicos, dispositivos alucinantes, monstruosidades extrañas y comedia retorcida. Eres el Dr. Muto, un científico loco genial y maniático cuyo último experimento ha destruido accidentalmente su propio planeta, excepto su laboratorio. El juego presenta un elenco de personajes inusuales, incluyendo al compañero del Dr. Muto, Janky, y a su némesis, el Profesor Burnital. Simplemente tomando muestras de ADN, el doctor puede transformarse en una araña, un ratón, un gorila o cualquier criatura que considere oportuno. Ahora debe usar sus artilugios diabólicos y su habilidad de transformación para robar materia orgánica de los planetas vecinos con el fin de reconstruir su mundo.