Una gran celebración en la Exposición Mundial de Robots se ve interrumpida por la visión de un platillo volador cruzando el cielo. Pero en lugar de albergar pequeños hombres verdes, este platillo alberga a un científico loco. Armado con una máquina de control mental que transmite una señal siniestra, el Dr. Wily está listo para hipnotizar a todos los robots de la ciudad y convertirlos en un ejército de mercenarios metálicos sin mente.
Luchando contra los efectos de la máquina de control mental de Wily, Mega Man y sus refuerzos robóticos, Rush y Beat, deben convertir en metal fundido a un ejército de enemigos liderados por ocho de los más grandes maestros robot de Wily. Y si Mega Man sobrevive, el Dr. Wily espera para desatar la artillería pesada con su última creación, el impresionante Tanque Wily.