Una historia de desafortunadas circunstancias, Pandora's Tower comienza en el Reino de Elyria, donde una humilde cantante llamada Elena sucumbe a una terrible maldición durante una actuación en un festival. Con una marca arcana en su espalda, comienza a transformarse en un monstruo salvaje, lo que provoca que los guardias de la ciudad intenten matarla para evitarlo. Un joven exmercenario llamado Aeron, cuyo corazón siempre ha estado entregado a Elena, la rescata justo a tiempo, y con la ayuda de una misteriosa bruja llamada Mavda, descubre lo que debe hacerse para evitar su terrible destino. Debe descender a La Cicatriz, un enorme abismo atado por doce cadenas conectadas a una isla flotante en su centro, sobre la cual se asientan trece torres interconectadas. Allí, debe usar su espada y una cadena sagrada para abrirse camino a través de cada torre y extraer la carne de los "maestros" jefes que habitan en ellas, que Elena debe consumir para revertir su transformación en curso. ¡Pero el tiempo corre! Cuanto más tarde Aeron en vencer a cada bestia, menos humana se vuelve Elena, afectando su carácter y el resultado final del juego de una manera profunda. El tiempo es esencial...