En la atmósfera envenenada y devastada por la guerra de Nu Earth, Rogue Trooper es un soldado de infantería genético, uno de un escuadrón de élite de tropas clonadas biológicamente, creadas para superar la atmósfera hostil del planeta, sin ser obstaculizadas en su lucha contra el enemigo, la República Nort. Después de presenciar la traición y aniquilación de su escuadrón en la Masacre de la Zona de Cuarzo, Rogue se ha fugado, decidido a cazar al traidor que envió a sus hermanos de armas a la muerte. Armado con las últimas armas experimentales, el arsenal de Rogue le ofrece una ventaja crítica sobre sus oponentes; biochips codificados que contienen las personalidades digitalizadas de sus compañeros caídos se almacenan en su arma, casco y mochila, cada uno ofreciendo su experiencia y asistencia únicas, lo que permite a Rogue superar estratégicamente a un enemigo sofisticado. El juego es una mezcla de intensa acción en tercera persona y elementos de sigilo de próxima generación, con IA de línea de visión compleja, múltiples rutas de juego, uso táctico completo de su equipo operado por biochips y jugabilidad en línea tanto para un jugador como multijugador.